จากการที่มีปัญหาขาดแคลนแพทย์และการกระจายแพทย์สู่ชนบท ไม่เป็นไปตามความต้องการของประเทศ คณะรัฐมนตรีจึงมีมติเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2547 เห็นชอบให้ดำเนินการโครงการผลิตแพทย์เพิ่มของสำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษา ตามความต้องการของกระทรวงสาธารณสุขที่ให้คณะแพทยศาสตร์เดิม 11 แห่ง ผลิตแพทย์โดยแบ่งเป็น 2 โครงการ คือ 1)โครงการเร่งรัดผลิตแพทย์เพิ่ม ซึ่งรับนักศึกษาทั่วไปเข้าศึกษา และ 2)โครงการผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท โดยรับนักศึกษาในพื้นที่เข้าศึกษา และกำลังจะปรับเป็นคัดเลือกนักศึกษา 1 คนจาก 1 อำเภอ การดำเนินการดังกล่าวเป็นการแก้ไขปัญหาเฉพาะกิจ ยังไม่สามารถแก้ไขปัญหาการขาดแคลนและกระจายสู่ชนบทเพื่อให้มีแพทย์ปฏิบัติงานในพื้นที่ชนบทได้อย่างยั่งยืน กระทรวงศึกษาธิการพิจารณาเห็นว่า หากจะมีการแก้ไขปัญหาการขาดแคลนแพทย์และกระจายแพทย์ไปสู่ชนบทอย่างยั่งยืน ควรจะขยายกำลังการผลิตเพิ่มเติมจากคณะแพทย์ศาสตร์เดิมที่เปิดสอนในปัจจุบัน โดยให้มหาวิทยาลัยในต่างจังหวัดที่มีศักยภาพและความพร้อมในการผลิตแพทย์กระจายการผลิตตามระบบภูมิศาสตร์สารสนเทศ (GIS) ของกระทรวงสาธารณสุขที่มีอยู่แล้ว โดยร่วมมือกับโรงพยาบาลของกระทรวงสาธารณสุขบริเวณใกล้เคียง รับนักศึกษาในพื้นที่เข้าศึกษาเมื่อสำเร็จการศึกษาแล้วผูกพันบรรจุเป็นแพทย์เพื่อชดใช้ทุนในพื้นที่ กระทรวงศึกษาธิการได้พิจารณาว่า มหาวิทยาลัยที่มีศักยภาพและความพร้อมในการผลิตแพทย์มีจำนวนทั้งสิ้น 8 แห่ง ซึ่งรวมถึงมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ โดยที่มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์อยู่ในทำเลที่เหมาะสมที่จะผลิตแพทย์เพื่อสนองนโยบายการกระจายแพทย์ไปสู่ภูมิภาคได้ โดยเฉพาะพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ซึ่งมีการขาดแคลนแพทย์มากที่สุด มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ มีพื้นที่รับผิดชอบตามการกระจายของระบบภูมิศาสตร์สารสนเทศ (GIS) ครอบคลุมจังหวัดนราธิวาส สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงสาธารณสุข และแพทยสภาเห็นชอบให้โครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เริ่มรับนักศึกษาตั้งแต่ปี 2550 เพื่อผลิตให้เป็นแพทย์ที่มีความรู้ความสามารถในการให้บริการทางการแพทย์ และการสาธารณสุขแบบองค์รวมแก่ชุมชน