สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์เป็นสถาบันการศึกษาทางการแพทย์ในกำกับของรัฐบาลแห่งที่ 2 ของประเทศไทย มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ได้เริ่มจัดทำโครงการพัฒนาระบบสุขภาพ จังหวัดนครศรีธรรมราช เสนอต่อนายกรัฐมนตรี เมื่อปี พ.ศ.2547 และเพื่อพัฒนาสุขภาพชุมชน ตามความเรียกร้องของชาวจังหวัดนครศรีธรรมราช และร่วมมือกับโครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบท กระทรวงสาธารณสุข โดยสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์

เมื่อวันที่ 11 มกราคม พ.ศ. 2550 แพทยสภาได้แจ้งผลการพิจารณารับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต (หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2549) เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต มีความมุ่งมั่นในการผลิตบัณฑิตแพทย์ ให้เป็นผู้ที่มีความรู้ ความสามารถ รับผิดชอบ ใฝ่รู้ มีการเรียนรู้ อย่างต่อเนื่อง เป็นผู้ที่มีน้ำใจ มีสำนึกสาธารณะ มีคุณธรรม และสามารถทำงานเป็นทีมร่วมกับบุคลากรทางการแพทย์อื่นได้ บัณฑิตแพทย์ของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์เป็นผู้มีความรู้พื้นฐานทางวิชาชีพในด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์พื้นฐาน ด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์คลินิก ระเบียบวิธีการวิจัยทางการแพทย์ด้านสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ที่เกี่ยวข้อง และด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ บัณฑิตแพทย์ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ยังเป็นผู้ที่มีเจตคติที่ดีในการให้บริการทางการแพทย์และสาธารณสุขทั้งระดับบุคคล ครอบครัวและชุมชนด้วยความเต็มใจ พร้อมทั้งส่งเสริมสนับสนุนภูมิปัญญาชาวบ้านและวิถีชุมชนท้องถิ่น

ปีการศึกษา 2552 สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ มีนักศึกษาแพทย์ 2 รุ่น ตามโควตาที่ได้รับการจัดสรรจากกระทรวงสาธารณสุข จำนวน 95 คน จากพื้นที่ 3 จังหวัด คือ นครศรีธรรมราช ตรัง และภูเก็ต